Πραγματοποιούνται κάθε δύο χρόνια: Α) Μετρήσεις θερμοκρασίας, αλατότητας, διαλυμένου οξυγόνου και θολερότητας με ειδικό ποντιζόμενο όργανο (CTD), Β) Συλλογή δειγμάτων νερού από τα πρότυπα βάθη (0, 10, 30, 50, 100 μέτρα και κοντά στο βυθό), με ειδικές φιάλες δειγματοληψίας (π.χ. τύπου Niskin). Οι δειγματοληψίες θα γίνονται τόσο κατά την θερμή περίοδο (Ιούλιος-Σεπτέμβριος), όσο και κατά την ψυχρή περίοδο (Ιανουάριος-Μάρτιος). Τα δείγματα θα αναλύονται στα εργαστήρια του ΕΛ.ΚΕ.Θ.Ε. για την μέτρηση συγκεντρώσεων θρεπτικών αλάτων και χλωροφύλλης, Γ) Συλλογή δειγμάτων ζωοπλαγκτού και φυτοπλαγκτού σε δειγματα νερού για το φυτοπλαγκτό και με σύρσεις ειδικών διχτυών (π.χ. τύπου WP2) για το ζωοπλαγκτό. Τα δείγματα ζωοπλαγκτού και φυτοπλαγκτού θα αναλύονται στα εργαστήρια του ΕΛ.ΚΕ.Θ.Ε. Δείγματα ιζήματος του βυθού θα παρθούν εφάπαξ για τον προσδιορισμό της κοκκομετρίας και του ζωοβένθους με δειγματολήπτες (π.χ. τύπου VanVeen). Οι αναλύσεις ιζημάτων θα γίνουν στα εργαστήρια του ΕΛ.ΚΕ.Θ.Ε.
Το ΕΛΚΕΘΕ θα πραγματοποιήσει δειγματοληψίες σε τριάντα δύο (32) από τους πενήντα έξι (56) σταθμούς «ανοικτής θάλασσας» στα όρια των χωρικών υδάτων της Ελλάδας, από τους οποίους: ένας (1) βρίσκεται στο νότιο-δυτικό τμήμα της Αδριατικής, επτά (7) στο Ιόνιο, είκοσι (20) στο Κεντρικό και Νότιο Αιγαίο, τέσσερεις (4) στο βόρειο βόρειο-ανατολικό τμήμα της Λεβαντινής. Στους υπόλοιπους είκοσι τέσσερις (24) σταθμούς, που βρίσκονται στο Βόρειο Αιγαίο, οι δειγματοληψίες θα πραγματοποιηθούν από το ΙΝΑΛΕ.
Στους σταθμούς δειγματοληψίας του δικτύου Natura θα υλοποιηθούν εφάπαξ: Α) Δειγματοληψίες φυτοβένθους σε κατάλληλες παράκτιες θέσεις, με κατάδυση. Τα δείγματα θα αναλύονται στα εργαστήρια του ΕΛ.ΚΕ.Θ.Ε., Β) Φωτογραφικές δειγματοληψίες οικοτόπων τύπου «maerl» (βιογενείς σχηματισμοί ενασβεστωμένων Ροδοφυκών) με βυθιζόμενες κάμερες η υποβρύχια οχήματα (ROVs). Η ανάλυση των φωτογραφικών δειγμάτων θα γίνεται στα εργαστήρια του ΕΛ.ΚΕ.Θ.Ε., Γ) Εργασίες πεδίου με αντικείμενο την Μεσογειακή φώκια, τις θαλάσσιες χελώνες, τα κητώδη και τα θαλασσοπούλια, μετά από προκήρυξη ανοικτού δημόσιου διαγωνισμού.
Στους μόνιμους πλωτούς σταθμούς του δικτύου «ΠΟΣΕΙΔΩΝ» θα τοποθετηθούν αισθητήρες συνεχούς μέτρησης της θερμοκρασίας της αλατότητας της θολερότητας, καθώς και αίσθητήρες καταγραφής του υποθαλάσσιου θορύβου.
Στους σταθμούς δειγματοληψίας του δικτύου MytiMED θα υλοποιηθούν εφάπαξ ποντίσεις κλωβών με μύδια. Οι κλωβοί θα παραμείνουν για ικανό χρονικό διάστημα και στην συνέχεια θα ανασυρθούν, ώστε να γίνουν αναλύσεις ρύπων στην σάρκα των μυδιών.
Από δειγματοληψίες που χρηματοδοτούνται και υλοποιούνται στο πλαίσιο: Α) του προγράμματος παρακολούθησης της Οδηγίας Πλαίσιο για τα ‘Υδατα (80 σημεία) και Β) του Προγράμματος Συλλογής Αλιευτικών Δεδομένων (140 σημεία), θα αξιοποιηθούν διαθέσιμα δεδομένα, που καλύπτουν απαιτήσεις των Περιγραφέων της ΟΠΘΣ, χωρίς να προκύπτει πρόσθετο κόστος δειγματοληψίας.
Με τη συγχρηματοδότηση της Ελλάδας και της Ευρωπαϊκής Ένωσης